رسالت اتحادیه دانشگاه‌ها و مؤسسات آموزش عالی غیردولتی- غیرانتفاعی

1. هماهنگی در اجرای برنامه‌های توسعه علمی بویژه کاهش تصدی‌گری دولت و توسعه مشارکت مردمی در بخش آموزش عالی
2. زمینه‌سازی در جهت ارتقای کیفیت علمی و پژوهشی مؤسسات آموزش عالی غیرانتفاعی - غیر دولتی
3. فعالیت در جهت تأمین نیاز های مرتبط با توسعه پایدار  و ضابطه مند بخش آموزش عالی  غیرانتفاعی - غیر دولتی
4. "انسجام بخشی" و" ایجاد هماهنگی" در فعالیت‌های مربوط به بخش‌های دولتی و غیردولتی
5. معرفی استانداردهای مؤسسات و کمک  به نظارت برفعالیت‌های آموزشی و پژوهشی آنها
6. توسعه مراودات علمی – پژوهشی و فعالیت‌های مشترک با مراکز علمی داخل و خارج از کشور با رعایت مقررات و ضوابط 
7. تلاش در جهت توانمند سازی نظام مدیریت عمومی و علمی مؤسسات آموزش عالی  غیرانتفاعی - غیر دولتی
8. مشارکت در نظام تصمیم‌سازی بخش آموزش عالی کشور
9. انتشار کتب و نشریات علمی.