اهداف اتحاديه عبارتند از:
الف: كليات:
1- هماهنگي در اجراي برنامههاي توسعه علمي كشور بويژه كاهش تصديگري دولت و توسعه مشاركت مردمي در بخش آموزش عالي.
2- زمينه سازي جهت ارتقاء كيفيت علمي و پژوهشي موسسههاي آموزش عالي غيردولتي – غيرانتفاعي.
3- زمينهسازي براي تامين نيازهاي مرتبط با توسعه پايدار و ضابطهمند بخش آموزش عالي غير دولتي- غيرانتفاعي.
4 - انسجام بخشي و ايجاد هماهنگي در فعاليتهاي مشترك در بخش دولتي و غيردولتي.
5- معرفي و كمك به حفظ استانداردهاي علمي موسسهها و نظارت بر فعاليتهاي آموزشي و پژوهشي آن.
6- توسعه مراودات علميپژوهشي و فعاليتهاي مشترك با مراكز علمي داخل و خارج از كشور با رعايت مقررات و ضوابط مربوطه.
7- تلاش در جهت توانمند سازي نظام مديريت عمومي و علمي موسسهها.
8- مشاركت در نظام تصميمسازي بخش آموزش عالي كشور.
ب: روش اجراي اهداف :
1-تهيه و تدوين آئيننامهها و دستورالعملهاي مورد نياز.
2- تدوين چشمانداز، اهداف، راهبردهاي آموزشي – پژوهشي و خدمات علمي اجرايي موسسههاي عضو اتحاديه.
3-تدوين نظام ارزشيابي و نظارت بر عملكرد موسسهها در چارچوب ضوابط و مقررات وزارت علوم،تحقيقات و فناوري.
4- تدوين طرح تقويت و ارتقاء موسسهها با ارائه پيشنهادات موردنظر وزارت علوم،تحقيقات و فناوري.
5- تدوين سياستها و ضوابط همكاري و ارتباط اتحاديه با دانشگاههاي داخل و خارج كشور.
6- تدوين مقررات و ضوابط مربوط به تامين نيروي انساني مورد نياز.
7- تدوين روشهاي مطلوب اطلاعرساني جامع و موثر به مجامع عمومي داخل و خارج از كشور و شناساندن جايگاه موسسههاي عضو اتحاديه.
8- تشكيل كميتههاي تخصصي و دعوت از صاحبنظران براي پيشبرد هرچه مطلوبتر اهداف اتحاديه.
9- برگزاري همايشهاي علمي