- در پی تصویب آیین نامه کلیات تأسیس مراکز آموزش عالی غیر دولتی – غیر انتفاعی در یکی ازجلسات شورای عالی انقلاب فرهنگی، رویکرد دولت در بخش آموزش عالی به سمت مشارکت مردمی در توسعه این بخش متمایل گردید و دانشگاهها و مؤسسه های غیر دولتی – غیر انتفاعی در حوزه آموزش عالی به همت علاقه مندان به علم و فرهنگ و اساتید فرهیخته و دلسوز نظام اسلامی، تأسیس گردید.
- در سالهای 78 و 79 بنا به پیشنهاد برخی از مؤسسات و تأیید مسئولین وزارتخانه، تشکیل همایش سالانه رؤسا و سرپرستان دانشگاهها و مؤسسه های آموزش عالی مورد توجه قرار گرفت و در یکی از همین همایش ها با تشکیل کمیته پیگیری ضرورت تشکیل اتحادیه مورد تأکید قرار گرفت و با اهتمام کمیته مذکور در آذرماه 1382 مجوز تأسیس اتحادیه صادر گردید.
- در پنجمین همایش و مجمع عمومی مورخه 83/7/23 ، که با حضور رؤسا و نمایندگان 34 دانشگاه و مؤسسه آموزش عالی غیر دولتی – غیر انتفاعی و مسئولین وزارت علوم، تحقیقات و فناوری، به میزبانی مؤسسه آموزش عالی طبرستان در شهرستان چالوس در استان مازندران برگزار شد، اولین شورای مرکزی اتحادیه انتخاب گردیدند و تا امروزاین شورا که بصورت دوسالانه در مجمع عمومی انتخاب میشوند نسبت به ایفای وظایف خود در جهت تحقق اهداف اتحادیه فعالیت نموده اند.
